1957 begann Regierungsamtmann Jaeckel auf dem Fliegerhorst Appen, Schleswig-Holstein, militärische Gegenstände zu sammeln und für die dort stationierten Soldaten auszustellen. Sein Ziel war es, einem interessierten Publikum einen Querschnitt durch die Geschichte der militärischen Luftfahrt zu vermitteln. Erste Exponate waren Uniformen, Orden und Ehrenzeichen sowie kleines technisches Gerät.

1967 übernahm Oberstarzt Dr. Boecker die Leitung des Museums. Er baute die Ausstellung mit Unterstützung durch seine Frau und den neugegründeten Förderverein zu einer der umfangreichsten militärischen Sammlungen in Deutschland aus. Höhepunkt der Sammlung dieser Zeit: Die Übernahme einer Heinkel 111 und Messerschmitt BF-109 als Geschenke der spanischen Luftwaffe.

Infolge des stetigen Wachstums, des damit verbundenen Platzbedarfs und steigender Kosten, bot der Förderverein die gesamte Sammlung der Bundeswehr als Geschenk an.

Der Schwerpunkt der Arbeit des Luftwaffenmuseums lag von nun an im Erwerb der in der deutschen Luftwaffe seit dem Ersten Weltkrieg eingesetzten Flugzeuge. Gleichzeitig wurden Lücken im vorhanden Fundus gefüllt.

Ab 1989 begann die Dokumentation der Geschichte der Luftstreitkräfte/Luftverteidigung der Nationalen Volksarmee und die Übernahme entsprechender Uniformen, technischer Geräte und Luftfahrzeuge. Dadurch von vergrößerte sich der Bestand des Museums um ungefähr ein Drittel. Seit dem 1. April 1995 wird das Luftwaffenmuseum von Appen nach Berlin-Gatow verlegt. Die hier vorhandenen Ausstellungsflächen und Räumlichkeiten reichen aus, um das Museum nach internationalem Standard auszubauen.

Aus Anlaß des 40jährigen Bestehens der Bundeswehr öffnete das Museum ab dem 23. September 1995 seine Tore für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Ein weiterer Schritt im Aufbau ist die Eröffnung des Museums haben bereits über 150.000 Gäste die Luftwaffenausstellung besucht.

Herausragendes Ereignis waren die Jubiläumsfeierlichkeiten zum 40jährigen Bestehen des Luftwaffenmuseums im September 1998.